PHP应用的安全性是开发过程中不可忽视的重要部分，尤其是在处理用户输入和数据库交互时。防止SQL注入是其中的关键环节，它能够有效避免恶意用户通过构造特殊输入来操控数据库查询。

使用预处理语句（Prepared Statements）是防范SQL注入的最有效方法之一。通过PDO或MySQLi扩展，可以将用户输入作为参数传递给查询，而非直接拼接字符串。这种方式确保了输入数据不会被解释为SQL代码。

避免使用动态拼接SQL语句，尤其是直接将用户输入插入到查询中。即使对输入进行了过滤，也难以完全消除风险。应始终将用户输入视为潜在的威胁，并进行严格校验。

输入验证是安全架构的重要组成部分。对于所有用户提交的数据，应根据预期格式进行检查，如邮箱、电话号码、日期等。使用PHP内置函数如filter_var()或正则表达式可以提高验证的准确性。

除了数据库安全，还应关注会话管理、文件上传和跨站脚本攻击（XSS）等问题。合理设置session.cookie_secure和session.use_only_cookies等配置项，能增强会话安全性。

定期更新依赖库和框架，以修复已知漏洞。使用Composer管理依赖时，注意检查是否有安全公告，及时升级到最新版本。

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最终，安全设计应贯穿整个开发流程。从代码编写到部署维护，每个环节都需考虑潜在风险，并采取相应措施，构建健壮的PHP应用。