PHP提供了丰富的函数用于处理文件和目录，这些功能在开发过程中非常实用。通过文件操作，可以读取、写入、修改甚至删除服务器上的文件内容。

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文件操作的基础函数包括fopen()、fclose()、fgets()、fwrite()等。例如，使用fopen()打开文件后，可以通过fgets()逐行读取内容，或者用fwrite()向文件中写入数据。需要注意的是，文件操作时要确保路径正确，并且有相应的权限。

目录操作同样重要，常用函数如opendir()、readdir()、closedir()等。通过这些函数，可以遍历目录中的文件和子目录，实现动态生成文件列表或进行批量处理。•mkdir()和rmdir()可用于创建和删除目录。

在实际开发中，文件和目录操作常用于上传、缓存、日志记录等功能。例如，用户上传文件时，需要将文件保存到指定目录，并验证文件类型和大小，防止恶意文件上传。

安全性是文件操作中不可忽视的环节。应避免直接使用用户输入作为文件路径，防止路径遍历攻击。同时，合理设置文件权限，避免敏感信息泄露。

实践中，建议使用PHP内置的函数库，如file_get_contents()和file_put_contents()，它们简化了文件读写操作。同时，结合异常处理机制，可以提高程序的健壮性和用户体验。